tu podes até usar o zip pelo terminal:
zip -e arquivo.zip file1.txt file2.txt
o parâmetro -e é o de criptografia, logo em seguida ele vai pedir uma senha para você adicionar. o 'arquivo.zip' é o nome de saída do arquivo zipado que você vai escolher e o 'file1.txt e file2.txt' são os arquivos (não necessariamente de texto, aqui só foram usados como exemplo) que você quer zipar com criptografia.
como assim a sicronia, meu caro Hobbit?