Posso estar enganado, mas acredito que programas Flatpak não podem rodar com privilégio elevado. Aplicativos como Zenmap, por exemplo, geralmente tem a seguinte descrição This version of Zenmap has a user restriction due to Flatpak: It can't be run as a root user.
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Como seu objetivo é criar um programa que mexe com uma parte tão profunda do sistema - módulos de kernel -, acredito que idealmente você deveria criar aplicativo nativo. Flatpak não vai te dar a permissão que você precisa para fazer essas modificações (pelo menos é o que eu acho).
Não se preocupe com fazer seu programa um flatpak agora. Gaste suas energias fazendo ele funcionar nativamente. Depois que ele já estiver funcionando nativamente, daí você avalia a viabilidade de tornar ele um flatpak ou não. Também estudaria uma alternativa de criar um AppImage ao invés de Flatpak, pois acredito que tem como você rodar o pkexec
com AppImage.
Ele é bom mesmo. Tenho ele instalado, mas devo admitir que tenho usado o Tesseract como PWA mesmo... O PWA do Tesseract funciona mt bem no celular e ainda me garante ferramentas de moderação, coisa que o Eternity infelizmente não oferece